Ja, normalerweise wird die Sprachdatei vom Updatescript (setup/update.php) nach UTF-8 konvertiert. Hast du das Updatescript ausgeführt nachdem du die Dateien hochgeladen hast?
Falls du Dateien neu hochgeladen hast, nachdem du das Updatescript ausgeführt hast, hast du vermutlich die Sprachdateien wieder mit der ISO-Version überschrieben. Falls das der Fall ist, melde dich kurz, dann schicke ich dir die aktuellen UTF-8-Versionen.
Edit: Habe dir mal die Dateien gemailt (an die im Forum hinterlegte Adresse).